1988, 1989 och 1993 vann han Davis Cup som spelare med det tyska laget och World Team Cup 1989 och 1994 . Hans största enskilda framgång var Wimbledons kvartsfinal 1988 .
Från 1998 till 2002 var han tränare för det tyska tennisförbundets B-lag . Från 2003 till 2012 var han kapten för det tyska Davis Cup-laget och tränade också laget vid World Team Cup . Han vann den här trofén med laget 2005 och 2011. 2008 tog han också ansvar som turneringschef för BMW Open .
På grund av interna tvister med Davis Cup-spelarna runt Philipp Kohlschreiber och känslan av brist på stöd från DTB meddelade Kühnen den 31 oktober 2012 att han inte skulle förlänga sitt kontrakt som kapten för det tyska Davis Cup-laget.